COPD：GWAS locus研究 FAM13Aの意義

COPD：GWAS locus研究 FAM13Aの意義: CRISPR editing confirmed the allele-specific effectなどを用い、COPDのFAM13A内の機能的variant同定検証



よく分からんが、Wnt / β-Catenin Signalingと関連するようだ・・・





FAM13A遺伝子の 100kB超領域がCOPDと関連する最も早期に発見され強いGWAS相関が見られた領域

 Identification of a chronic obstructive pulmonary disease genetic determinant that regulates HHIP. Hum Mol Genet 2012;21:1325–1335.

GWASシグナルに対応する疾患原因遺伝子変異領域のbroad association peakをFAM13Aの機能として特性化させた

βカテニンの分解を開始、肺胞上皮細胞修復・再生に重要で、Fam13a -/-マウスでは喫煙誘発気腫抵抗性で、肺内のβカテニン増加と関連

FAM13A内の45の調節性variantをMPRAで同定 、うち6つを優性的に検討

3つのCOPD関連variantでallele-specific activityとして示され、うち一つのrs2013701をCRISPR-basedゲノム編集によるendogenous genomic context内検証し、 FAM13A発現のallele-specificな影響と細胞増殖、機能的特性に関与することがCOPD関連変異で示された

Identification of Functional Variants in the FAM13A Chronic Obstructive Pulmonary Disease Genome-Wide Association Study Locus by Massively Parallel Reporter Assays

Peter J. Castaldi ,et al.

AJRCCM Vol. 199 , No. 1 Jan 01,2019

https://doi.org/10.1164/rccm.201802-0337OC       PubMed: 30079747

https://www.atsjournals.org/doi/full/10.1164/rccm.201802-0337OC

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GWAS同定された20近くののsusceptibility loci

例えば

• moderate-to-severe COPD near RIN3
• severe COPD near MMP12 and TGFB2

Risk loci for chronic obstructive pulmonary disease: a genome-wide association study and meta-analysis

Lancet Respir Med. 2014 Mar; 2(3): 214–225.

Published online 2014 Feb 7. doi: 10.1016/S2213-2600(14)70002-5

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4176924/

HHIP

Hum Mol Genet. 2015 Feb 15; 24(4): 1200–1210.Published online 2014 Oct 14. doi: 10.1093/hmg/ddu525

AGER

Systematic dissection and optimization of inducible enhancers in human cells using a massively parallel reporter assay. Nat Biotechnol 2012;30:271–277.